El 17 de octubre de 1866 la prefectura de Cobija toma razón del decreto mediante el cual el presidente de Bolivia, general Mariano Melgarejo, le concede a don José Santos Ossa y Francisco Puelma miembros de la "Sociedad Explotadora del Desierto de Atacama" una extensión de cuatro leguas cuadradas de terreno en la quebrada de San Mateo, que desemboca en la Caleta de La Chimba, situada como a ocho leguas al sur de la bahía de Mejillones que los empresarios podrán destinar a cualquier especulación agrícola que sea posible plantar allí, con la precisa condición de habilitar dicha Caleta, construyendo de su cuenta, un muelle que debería servir al tráfico público y refutarse como propiedad del "Estado".

El 5 de septiembre de 1868 la asamblea constituyente de Bolivia señalando que "cuya misión fundamental era legalizar todos los actos de la dictadura", impuso a la Compañía de Salitres de Melbourne Clark y Cía., el pago al tesoro boliviano de la suma de $10.000 pesos, la construcción de un muelle público en Antofagasta, un camino carretero de treinta leguas en pleno desierto, con sus postas, aguadas, alojamientos y dotación de vehículos.

El 12 de octubre de 1869 el Prefecto de Cobija, recibe en forma oficial el muelle construido por la casa Melbourne Clark, en virtud de los compromisos contraídos anteriormente con el Supremo gobierno boliviano y señala en su oficio al Ministerio de Hacienda: "Lo he encontrado bueno, bien construido y seguro, como consta por la copia que tengo el honor de adjuntar" (Oficio del Prefecto de Cobija doctor José R. Taborga).

El 9 de mayo de 1877 a raíz del terremoto y maremoto, el muelle quedó ruinoso y se reparó por cuenta de la Municipalidad.

El 14 de febrero de 1879 por este muelle desembarcó el ejército chileno al mando del coronel Emilio Sotomayor Baeza cuando el Gobierno de Bolivia vulneró las cláusulas del tratado de 1874.

Cabe mencionar que el muelle Melbourne & Clark (hoy llamado histórico) fue construido e inaugurado el 27 de julio de 1880, en reemplazo del que presto servicios entre los años 1869 y 1880. Desde este primitivo muelle de madera en 1872 se inició la construcción del ferrocarril que atravesaba la ciudad y que la comunicó con el Salar del Carmen, por lo tanto, no es el muelle del desembarco.

El 5 de enero de 1884 el muelle fue nuevamente modificado. Los planos fueron confeccionados por el ingeniero don Macario Sierralta y las obras a cargo del contratista Don Alejandro Marshall. El muelle fue prolongado en una extensión de 25 metros en relación a su primitiva extensión de 26 metros y el costo total de la obra alcanzó a $15.000.

En una publicación elaborada por el Departamento de Navegación e Hidráulica de la Armada en 1950 el Muelle de Pasajeros en relación a su equipamiento es descrito en los siguientes términos:

En 1973 producto de una fuerte marejada, el muelle sufre severos daños y, sumado al abandono en que se encontraba, se ordena el desarme del "Muelle de Pasajeros o fiscal".